¿Deseas eliminar index.php de Codeigniter en IIS?

Entiendo que puedo eliminar la parte 'index.php' de la url con el siguiente código web.config:

<rewrite>
  <rules>
    <rule name="Rule" stopProcessing="true">
      <match url="^(.*)$" ignoreCase="false" />
      <conditions>
        <add input="{REQUEST_FILENAME}" matchType="IsFile" ignoreCase="false" negate="true" />
        <add input="{REQUEST_FILENAME}" matchType="IsDirectory" ignoreCase="false" negate="true" />
        <add input="{URL}" pattern="^/favicon.ico$" ignoreCase="false" negate="true" />
      </conditions>
      <action type="Rewrite" url="index.php/{R:1}" appendQueryString="true" />
    </rule>
  </rules>
</rewrite>

El problema es que tengo un CI instalado en un subdirectorio (mydomain.com/codeigniter) y tengo problemas para entender el archivo web.config.

¿Sabe cómo cambiar esto para que funcione para un subdirectorio?

Gracias :)