Implementación de la configuración de IIS con Web Deploy

Si miro la Configuración de paquete / publicación de una aplicación web en Visual Studio 2010, hay una opción para "Incluir todas las configuraciones de IIS como están configuradas en el Administrador de IIS (usado solo para proyectos web de IIS)"

Estoy usando IIS en lugar del VS Dev Server para ejecutar mi aplicación web, pero cuando implemento el paquete que Web Deploy crea en un servidor remoto, la configuración de IIS que se aplica a mi aplicación IIS remota es, como mínimo, desconocida y en el peor de los casos, completamente equivocado.

Por ejemplo, mi IIS local tiene 2 directorios virtuales (imágenes, sonidos). Pero cuando despliegue, crea 4 directorios virtuales completamente diferentes (_controltemplates, _layouts, _vti_bin, _wpresources), y si creo manualmente los 2 vdirs correctos en el servidor remoto de antemano, Web Deploy los eliminará. ¿De dónde diablos sacó Web Deploy? Web Deploy también aplicó erróneamente la configuración de autenticación correcta en la aplicación IIS remota.

Dado que la configuración "Incluir todas las configuraciones de IIS configuradas en el Administrador de IIS" no parece tomar las configuraciones correctas, en última instancia, quiero poder crear algún tipo de archivo de configuración que Web Deploy usará como parte de su paquete de implementación. Idealmente, algo que pueda verificar en el control de código fuente. Pero no puedo entender de la documentación cómo hacer esto. Veo algo sobre parametrización y manifiestos, pero no puedo entenderlo.

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