Quiero usar HikariCP como grupo de conexiones JDBC en mi aplicación de arranque Spring. Tengo dos fuentes de datos (la base de datos MySQL como la base de datos principal y el acceso a esos datos a través de Hibernate y, además, una base de datos Oracle para leer algunos otros datos a través de JDBCTemplate).

Configuré el origen de datos MySQL como bean primario:

@Bean
@Primary
@ConfigurationProperties("spring.datasource")
public DataSourceProperties mySQLDataSourceProperties() {
    return new DataSourceProperties();
}


@Bean
@Primary
@ConfigurationProperties("spring.datasource")
public DataSource mySQLDataSource() {
    return mySQLDataSourceProperties().initializeDataSourceBuilder().build();
}

@Bean
@ConfigurationProperties("oracle.datasource")
public DataSourceProperties oracleDataSourceProperties() {
    return new DataSourceProperties();
}

@Bean(name = "oracleDatabase")
@ConfigurationProperties("oracle.datasource")
public DataSource oracleDataSource() {
    return oracleDataSourceProperties().initializeDataSourceBuilder().build();
}

 @Bean
 public JdbcTemplate oracleJdbcTemplate(@Qualifier("oracleDatabase") DataSource oracleDb) {
     return new JdbcTemplate(oracleDb);
 }

y puse las siguientes configuraciones en mi application.properties:

spring.datasource.type=com.zaxxer.hikari.HikariDataSource

spring.datasource.hikari.minimum-idle=7
spring.datasource.hikari.pool-name=Test-1

spring.datasource.hikari.data-source-properties.prepStmtCacheSize=250
spring.datasource.hikari.data-source-properties.prepStmtCacheSqlLimit=2048
spring.datasource.hikari.data-source-properties.cachePrepStmts=true
spring.datasource.hikari.data-source-properties.useServerPrepStmts=true

Inmediatamente, estas configuraciones de HikariCP no se leen:

 HikariConfig - dataSourceJNDI..................none
 HikariConfig - dataSourceProperties............{password=<masked>}
 HikariConfig - driverClassName................."com.mysql.jdbc.Driver"
 HikariConfig - healthCheckProperties...........{}
 HikariConfig - healthCheckRegistry.............none
 HikariConfig - idleTimeout.....................600000
 HikariConfig - initializationFailFast..........true
 HikariConfig - initializationFailTimeout.......1
 HikariConfig - isolateInternalQueries..........false
 HikariConfig - jdbc4ConnectionTest.............false
 HikariConfig - jdbcUrl........................."jdbc:mysql://localhost:3306/testDB"
 HikariConfig - leakDetectionThreshold..........0
 HikariConfig - maxLifetime.....................1800000
 HikariConfig - maximumPoolSize.................10
 HikariConfig - metricRegistry..................none
 HikariConfig - metricsTrackerFactory...........none
 HikariConfig - minimumIdle.....................10
 HikariConfig - password........................<masked>
 HikariConfig - poolName........................"HikariPool-1"

Creando los beans HikariCP y desactivando la configuración automática de DataSource y eliminando "spring.datasource":

@EnableAutoConfiguration(exclude = {DataSourceAutoConfiguration.class})
@SpringBootApplication
@ComponentScan
public class SpringApplication {


@Bean
@Primary
@ConfigurationProperties(prefix = "spring.datasource.hikari")
public HikariConfig hikariConfig() {
    return new HikariConfig();
}

@Bean
public DataSource dataSource() {
    return new HikariDataSource(hikariConfig());
}

resuelve mi problema:

 HikariConfig - dataSourceJNDI..................none
 HikariConfig - dataSourceProperties............{password=<masked>, prepStmtCacheSqlLimit=2048, cachePrepStmts=true, useServerPrepStmts=true, prepStmtCacheSize=250}
 HikariConfig - driverClassName................."com.mysql.jdbc.Driver"
 HikariConfig - healthCheckProperties...........{}
 HikariConfig - healthCheckRegistry.............none
 HikariConfig - idleTimeout.....................600000
 HikariConfig - initializationFailFast..........true
 HikariConfig - initializationFailTimeout.......1
 HikariConfig - isolateInternalQueries..........false
 HikariConfig - jdbc4ConnectionTest.............false
 HikariConfig - jdbcUrl........................."jdbc:mysql://localhost:3306/testDB?autoReconnect=true"
 HikariConfig - leakDetectionThreshold..........0
 HikariConfig - maxLifetime.....................1800000
 HikariConfig - poolName........................"Test-1"

Pero luego el Flyway muestra algunas advertencias extrañas que no se mostraron antes y tengo que crear el esquema de la base de datos manualmente antes de ejecutar la aplicación Spring, es decir: el esquema de creación ya no funciona.

[WARN ] JdbcTemplate - DB: Can't create database 'test'; database exists (SQL State: HY000 - Error Code: 1007)
[WARN ] JdbcTemplate - DB: Unknown table 'testSchema.tenant' (SQL State: 42S02 - Error Code: 1051)
[WARN ] JdbcTemplate - DB: Unknown table 'testSchema.user' (SQL State: 42S02 - Error Code: 1051) 

Mis scripts Flyway SQL son scripts DDL simples:

CREATE SCHEMA IF NOT EXISTS `testSchema` DEFAULT CHARACTER SET utf8 ;

DROP TABLE IF EXISTS `testSchema`.`tenant`;

CREATE TABLE `testSchema`.`tenant` (
  `id` int NOT NULL AUTO_INCREMENT,

Creo que deshabilitar la configuración de Auto-Datasource no es la mejor solución ya que Flyway deja de crear el esquema y muestra advertencias. ¿Hay alguna otra forma de resolver esto?