Estoy ejecutando Tomcat 8 en Windows 2012.

Tengo una aplicación web que necesita que se configure una variable de entorno de usuario para poder ejecutarse.

Puedo iniciar tomcat y recuperar la variable con éxito así:

set JAVA_HOME=C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_65
set CATALINA_HOME=C:\TOOLS\apache-tomcat-8.0.30

set CATALINA_BASE=C:\Users\ULUser\tomcat\myapp
set MY_VAR=%CATALINA_BASE%
set PATH=%CATALINA_ROOT%\bin;%PATH%
set CATALINA_OPTS="-Djava.security.properties=%CATALINA_BASE%\conf\java.security.properties"

%CATALINA_HOME%\bin\catalina.bat run

Pero cuando ejecuto como un servicio de Windows no puedo recuperar la variable MY_VAR usandoSystem.getenv("MY_VAR");

Buscar en Google no ha ayudado porque todas las páginas muestran cómo configurar las variables de Java y Tomcat, pero no cómo configurar las variables de usuario.

No puedo configurarlo para toda la máquina porque tengo varias instancias de tomcat y cada una necesita una variable de entorno diferente.

Preferiría un método que implique establecer la variable en la configuración de tomcat en lugar de la configuración de Windows.

Mi alternativa es usar el archivo context.xml en tomcat y recuperar el valor con la lógica que recupera la configuración del contexto.

Originalmente publiqué esto en superusuario, pero se sugirió que stackoverflow es un mejor lugar para esta pregunta. Si obtengo buenas respuestas aquí, lo eliminaré del superusuario.