¿Ventajas / desventajas de construir un frasco enorme en lugar de varios más pequeños?

He visto programas comohttp://one-jar.sourceforge.net/ yhttp://fjep.sourceforge.net/index.html promueva rodar su jar de aplicación y cualquier dependencia en un solo jar ejecutable.

¿Cuáles son las principales razones a favor o en contra de hacer esto?