Evitar la ejecución de .htaccess de la carpeta principal

Tengo dos sitios diferentes en el mismo dominio, por ejemplo:
Primer sitio en el directorio raízhttp://example.com/
Segundo sitio en subcarpetahttp://example.com/site2/
Cada sitio tiene su propio .htaccess
Cuando entro al segundo sitio (http://example.com/site2/), en el registro de mod_rewrite veo que apache intenta ejecutar .htaccess del primer sitio (http://example.com/)
Entonces, la pregunta es cómo prevenir esto. Gracias