He creado una aplicación brillante muy grande que tiene un informe pdf descargable. El cliente ha solicitado su logotipo en el encabezado de cada página del pdf. Puedo obtener un logotipo en el pdf cuando el pdf está solo (no forma parte de la aplicación brillante más grande) pero Pandoc no puede encontrar la imagen cuando intento descargar exactamente el mismo informe desde la aplicación brillante. A continuación se muestra un ejemplo de trabajo mínimo y una lista de cosas que he intentado y no pude conseguir.smiley.png está en la carpeta con app.R y puede ser reemplazado por cualquier imagen. smiley.png es una imagen diferente de la que utilicé en la aplicación completa, por lo que no tiene nada que ver con la imagen original.

Tejer el rmarkdown por sí solo funciona perfectamente e incluye el encabezado. Intentar descargar desde la aplicación brillante causa el problema.
He intentado:

moviendo la imagen a una carpeta llamada "imágenes" y haciendo referencia a images \ smiley.png en lugar de smiley.png. Eso también falla con el mismo error.haciendo referencia a /srv/shiny-server/AppName/smiley.png cuando la aplicación se cargó en shinyapps.io. Error al no poder encontrar la imagen (mismo tipo de error).usando simple![Logo](smiley.png) sintaxis en lugar de las cuatro líneas de encabezado. También falló con el mismo error de no poder encontrar smiley.png<img src="smiley.png" /> con smiley.png en mi carpeta www no funciona. Estoy tejiendo un pdf, no un html. pdf teje pero no incluye una imagen. Simplemente elimina el html.usando simple![Logo](smiley.png) la sintaxis con smiley.png en mi carpeta www no funciona. Mismo error; No puedo encontrar smiley.png.

Mi mejor conjetura es que cuando la aplicación se ejecuta, se mueve de alguna manera por los directorios y el .rmd no puede localizar la imagen. Entonces, ¿qué necesito hacer referencia para encontrar la imagen? ¿Puedo ponerlo en una carpeta en particular? He intentado muchas cosas diferentes e investigado mucho, pero he tenido problemas para encontrar un solo ejemplo similar. He usado la carpeta www que uso para imágenes en la aplicación brillante (no incluida a continuación), agregando nuevas carpetas, colocando la imagen en la misma carpeta que el .rmd ... Ha sido un proceso muy largo de investigación, prueba, y error sin éxito.

La aplicación:

library(shiny)
ui<-shinyUI(fluidPage(
  titlePanel("Hello Shiny!"),
  sidebarPanel(
    downloadButton('downloadReport',label="Download Report")
              ),
  mainPanel(
      p("Hello")
           )
  ))

server<-shinyServer(function(input, output) {
   output$downloadReport <- downloadHandler(
      filename = function() {
           paste0('Report_.pdf')
                            },
      content = function(file) {
           src <- normalizePath('report.rmd')
           owd <- setwd(tempdir())
           on.exit(setwd(owd))
           file.copy(src, 'report.rmd')
           library(rmarkdown)
           out <- render('report.rmd',pdf_document())
           file.rename(out, file)
                               }
   )
 })

shinyApp(ui, server)#Runs the app

R markdown report.rmd:

---
title: "Test"
date: "Friday, March 04, 2016"
output: pdf_document
header-includes: \usepackage{fancyhdr}
---

\addtolength{\headheight}{1.0cm}
\pagestyle{fancyplain}
\lhead{\includegraphics[height=1.2cm]{smiley.png}}
\renewcommand{\headrulewidth}{0pt}

```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
```
```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
```

El error:

  C:/Apps/RStudio/bin/pandoc/pandoc report.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output report.pdf --template C:\Apps\R-3.1.1\library\rmarkdown\rmd\latex\default.tex --highlight-style tango --latex-engine pdflatex --variable geometry:margin=1in  
 pandoc.exe: Error producing PDF from TeX source.  
 ! Package pdftex.def Error: File `smiley.png' not found.  

 See the pdftex.def package documentation for explanation.  
 Type  H <return>  for immediate help.  
 ...                                              

l.88 \end{document}  

Warning: running command 'C:/Apps/RStudio/bin/pandoc/pandoc report.utf8.md --to latex --from  markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output report.pdf --template C:\Apps\R-3.1.1\library\rmarkdown\rmd\latex\default.tex --highlight-style tango --latex-engine pdflatex --variable geometry:margin=1in' had status 43  
Error : pandoc document conversion failed with error 43  
In addition: Warning message:  
package ‘shiny’ was built under R version 3.1.3   
Warning: Error in : pandoc document conversion failed with error 43  
Stack trace (innermost first):  
   55: pandoc_convert  
   54: render  
   53: download$func [C:/Data/Documents/Technomic/Testing images/app.R#25]  
    5: <Anonymous>  
    4: do.call  
    3: print.shiny.appobj  
    2: print  
    1: source  

¡Gracias! Espero que alguien tenga algunas ideas. He estado investigando y probando cosas durante días.

Editar: se corrigió el formato de salida.