Python no puede encontrar mi módulo

Tengo un proyecto de Python (que ejecuto dentro de un virtualenv) y que tiene la siguiente estructura:

Project
├───.git
├───venv
└───src
    ├───__init__.py
    ├───mymodules
    │   ├───__init__.py
    │   ├───module1.py
    │   └───module2.py
    └───scripts
        ├───__init__.py
        └───script.py

script.py

import src.mymodules.module1
...

Ejecuto el proyecto con venv activado y desde el directorio del proyecto usando el siguiente comando:

(venv)$ python src/scripts/script.py

La secuencia de comandos se ejecuta pero muestra el siguiente error antes de salir:

Traceback (most recent call last):
  File "src/scripts/script.py", line 1, in <module>
    import src.mymodules.module1
ImportError: No module named src.mymodules.module1

Intenté ejecutar el shell de Python e intentar importar el módulo desde allí y no dio errores. Tengo _ _init__.py en cada directorio dentro de src. ¿Python considera que el directorio de trabajo es src / scripts? ¿Por qué sucede eso y cómo puedo hacer src el directorio de trabajo si ese es el caso?