Cuando ha definido el campo como una unión de dos tipos (en máquinas, por ejemplo, contiene barcos y droides), en Relay puede hacer algo así:

fragment on Faction@ relay(plural: true) {
  name,
  machines {
    ... on Ship {
      name
    }
    ... on Droid {
      name,
      primaryFunction
    }
  }
}

entonces, bajo las máquinas, sus objetos se evalúan correctamente, pero si desea hacerlo utilizando fragmentos de componentes externos:

fragment on Faction@ relay(plural: true) {
  name,
  machines {
    ${StarWarsShip.getFragment('ship')}
    ${StarWarsDroid.getFragment('droid')}
  }
}

entonces terminas con definiciones de fragmentos en máquinas. Parece que está atrapado y no puede verificar qué objeto es qué tipo de matriz de máquinas, por lo que no puede decidir qué componente debe usarse.