No he podido determinar por qué flexbox no funciona en IE 11.

Para las pruebas, obtuve un diseño de flexbox muy simple de CodePen y pegué la información a continuación.

Chrome funciona según lo previsto; IE11 falla.

Imagen del diseño exitoso que se ejecuta en Chrome:

Imagen de falla de diseño en IE11

body {
  background: #333;
  font-family: helvetica;
  font-weight: bold;
  font-size: 1.7rem;
}

ul {
  list-style: none;
}

li {
  background: hotpink;
  height: 200px;
  text-align: center;
  border: 2px solid seashell;
  color: seashell;
  margin: 10px;
  flex: auto;
  min-width: 120px;
  max-width: 180px;
}

.flex {
  display: flex;
  justify-content: flex-start;
  flex-wrap: wrap;
}

<ul class="flex">
  <li>1</li>
  <li>2</li>
  <li>3</li>
  <li>4</li>
  <li>5</li>
  <li>6</li>
  <li>7</li>
  <li>8</li>
  <li>9</li>
  <li>10</li>
</ul>

http://codepen.io/hankthewhale/pen/IdKkB?editors=110