rasterice el shapefile de ESRI con agujeros pero con ranuras FALSE

Tengo un shapefile (que muestra diferentes clases de sedimentos en el mar del norte) leído conreadOGR(). Tiene muchos agujeros "lo que debería ser" en muchos polígonos, pero usandorasterize() elimina todos los agujeros ya que no están marcados comoTRUE en sus huecos. Usadorasterize(...,fun='first') sin éxito Sin embargo, QGIS muestra los agujeros todo muy bien. También,over() evalúa correctamente los valores de campo, por ejemplo, en un agujero, probablemente aprovechando el "orden de trazado" de la ranura, por lo que se me ocurrió algo como:

for (i in 1:ncell(raster)){
    coo<-xyFromCell(raster,i,spatial=T)
    col<-colFromX(ra,coo@coords[1,1])
    row<-rowFromY(ra,coo@coords[1,2])
    proj4string(coo)<-proj4string(shape)
    n<-over(coo,shape)
    raster[col,row]<-n$Prime_FOLK
}

omitir rasterizar, pero tomará 50 días para ser hecho.

Así que aquí 'mi pregunta:

¿Alguien ha experimentado algo similar y ha encontrado una solución para ello?

(Me hubiera gustado incluir datos de ejemplo, perodput()falla en SpatialPolygons?!?)