¿Cómo puedo depurar problemas exec ()?

El comando exec no funciona en mi servidor, no hace nada, he desactivado safe_mode y he verificado que todos los comandos de la consola funcionan, lo he intentado con rutas absolutas. He comprobado los permisos de las aplicaciones y todas las aplicaciones que necesito tienen permisos de ejecución. No sé qué más hacer, aquí está el resumen de los códigos que he intentado.

echo exec('/usr/bin/whoami');

echo exec('whoami');

exec('whoami 2>&1',$output,$return_val);
if($return_val !== 0) {
    echo 'Error<br>';
    print_r($output);   
}

exec('/usr/bin/whoami 2>&1',$output,$return_val);
if($return_val !== 0) {
    echo 'Error<br>';
    print_r($output);   
}

Los últimos dos códigos muestran:

Error
Array ( )

Me puse en contacto con el servicio del servidor y no pueden ayudarme, no saben por qué el comando exec no funciona.

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