¿Por qué la función diag es tan lenta? [en R 3.2.0 o anterior]
Estaba mirando los puntos de referencia enesta respuesta, y quería compararlos condiag
(usado en una respuesta diferente). Lamentablemente, parece quediag
toma edades:
nc <- 1e4
set.seed(1)
m <- matrix(sample(letters,nc^2,replace=TRUE), ncol = nc)
microbenchmark(
diag = diag(m),
cond = m[row(m)==col(m)],
vec = m[(1:nc-1L)*nc+1:nc],
mat = m[cbind(1:nc,1:nc)],
times=10)
Comentarios: Probé estos conidentical
. Tomé "cond" de una de las respuestas aesta pregunta de tarea. Los resultados son similares con una matriz de enteros,1:26
en lugar deletters
.
Resultados:
Unit: microseconds
expr min lq mean median uq max neval
diag 604343.469 629819.260 710371.3320 706842.3890 793144.019 837115.504 10
cond 3862039.512 3985784.025 4175724.0390 4186317.5260 4312493.742 4617117.706 10
vec 317.088 329.017 432.9099 350.1005 629.460 651.376 10
mat 272.147 292.953 441.7045 345.9400 637.506 706.860 10
Es solo una operación de subconjunto de matrices, por lo que no sé por qué hay tanta sobrecarga. Mirando dentro de la función, veo algunas comprobaciones y luegoc(m)[v]
, dóndev
es el mismo vector utilizado en el punto de referencia "vec". Sincronizando estos dos ...
v <- (1:nc-1L)*nc+1:nc
microbenchmark(diaglike=c(m)[v],vec=m[v])
# Unit: microseconds
# expr min lq mean median uq max neval
# diaglike 579224.436 664853.7450 720372.8105 712649.706 767281.5070 931976.707 100
# vec 334.843 339.8365 568.7808 646.799 663.5825 1445.067 100
... parece que he encontrado a mi culpable. Entonces, la nueva variación en mi pregunta es:¿Por qué hay un servicio aparentemente innecesario y que consume tanto tiempo?c
endiag
?