¿"Actualiza" automáticamente la configuración de usuario de la versión anterior del archivo app.config?

Cada vez que compilo mi aplicación y los cambios en el número de versión (tengo un número de compilación de incremento automático), pierdo la configuración de configuración de la aplicación configurada por el usuario, ya que están almacenados en la carpeta AppData para una versión específica. Esencialmente, cada versión de mi aplicación comienza desde cero en lo que respecta a la configuración del usuario.

Si bien esta es una leve molestia en el desarrollo, plantea la cuestión cuando me acerco al despliegue / lanzamiento:si utilizo el archivo app.config para almacenar la configuración de usuario, ¿se guardarán las configuraciones personalizadas del usuario cada vez que instalen un parche que cambie el número de versión de mi aplicación? Si es así, ¿hay una manera fácil de "actualizar" la configuración de la versión anterior? Sé que usar HKCU en el registro es otra opción, pero me gusta la facilidad del espacio de nombres My.Settings, y me gustaría quedarme con app.config.

Otra pregunta tan Pregunta algo similar, aunque la respuesta no parece tan clara. ¿La configuración de mi MSI para que el usuario solicite una actualización será suficiente para preservar estas configuraciones de nivel de usuario?