PHP / Apache Denegar el acceso a la carpeta al usuario pero no al script

Entonces tengo esta aplicación web php, y una de mi carpeta contiene algunos archivos que se pueden descargar.

Tengo un script de descarga que modifica los encabezados para ofrecer siempre un enlace de descarga. (en lugar de mostrar una imagen, por ejemplo, cuando hace clic en un enlace, aparece un cuadro de descarga)

En este momento, si ingresa una URL como:http://www.mywebsite.com/content/ Obtiene la lista de todos los archivos descargables y, por supuesto, puede descargarlos todos, sin pasar por la interfaz del sitio web.

Personalmente, no creo que sea un problema, ya que a menudo uso downthemall u otra herramienta de descarga, y este tipo de acceso es un gran ahorro de tiempo ...

Pero, por supuesto, mi empresa no lo cree así :-p Quieren que la gente use la interfaz para ver los anuncios ...

¿Sería una forma, tal vez con un .htaccess protegido, de dejar el acceso a la carpeta a mi script de descarga, pero denegar el acceso a los usuarios ...?

Espero tener sentido y sabes a lo que me refiero :)

Toda ayuda / comentarios apreciados!