Seguí el modelo JPAguía y pude generar el metamodelo canónico que necesito. Con este pom creado:

<code><plugin>
                <artifactId>maven-compiler-plugin</artifactId>
                <configuration>
                    <source>1.6</source>
                    <target>1.6</target>
                    <compilerArgument>-proc:none</compilerArgument>
                </configuration>
            </plugin>
            <plugin>
                <groupId>org.bsc.maven</groupId>
                <artifactId>maven-processor-plugin</artifactId>
                <version>2.0.6-redhat</version>
                <executions>
                    <execution>
                        <id>process</id>
                        <goals>
                            <goal>process</goal>
                        </goals>
                        <phase>generate-sources</phase>
                        <configuration>
                            <outputDirectory>target/metamodel</outputDirectory>
                        </configuration>
                    </execution>
                </executions>
            </plugin>
            <plugin>
                <groupId>org.codehaus.mojo</groupId>
                <artifactId>build-helper-maven-plugin</artifactId>
                <version>1.3</version>
                <executions>
                    <execution>
                        <id>add-source</id>
                        <phase>generate-sources</phase>
                        <goals>
                            <goal>add-source</goal>
                        </goals>
                        <configuration>
                            <sources>
                                <source>target/metamodel</source>
                            </sources>
                        </configuration>
                    </execution>
                </executions>
            </plugin>
</code>

La fuente generada se crea correctamente en el directorio especificado y tengo que especificarla manualmente como fuente en la ruta de la clase del proyecto Eclipse para usarla. Cuando disparo un experto los registros muestrancannot find symbol oduplicate class y sigo teniendo una compilación exitosa. Entonces, mi pregunta es, ¿es este comportamiento esperado / correcto al crear el metamodelo? ¿O me perdí algo en el cofig? Gracias