Necesito obtener un subgrafo de los nodos semilla (la lista de entrada de nodos; file.txt) y sus primeros interactores (vecinos) de un gráfico (g) usando igraph. Desafortunadamente, estoy terminando con un solo nodo en el subgrafo, y no todo el resto de los nodos y bordes (vértices) que los entrelazan.

g<-read.graph("DATABASE.ncol",format="ncol",directed=FALSE) #load the data
g2<-simplify(g, remove.multiple=TRUE, remove.loops=TRUE) # Remove the self-loops in the data
DAT1 <- readLines("file.txt")   #It provides a character vector right away
list_nodes_1 = neighbors(g2, DAT1) #list of nodes to be fetched in subnetwork
list_nodes_1 # 16
g3 <- induced.subgraph(graph=g2,vids=DAT1) #subnetwork construction
g3 # GRAPH UN-- 1 0 --; indicating only one node
plot (g3)

¿Alguna sugerencia para obtener toda la subred (incluidos nodos y vértices)? ¿O hay alguna otra función disponible para crear sub-gráficos?

BASE DE DATOS.ncol:

MAP2K4  FLNC
MYPN    ACTN2
ACVR1   FNTA
GATA2   PML
RPA2    STAT3
ARF1    GGA3
ARF3    ARFIP2
ARF3    ARFIP1
XRN1    ALDOA
APP     APPBP2
APLP1   DAB1
CITED2  TFAP2A
EP300   TFAP2A
APOB    MTTP
ARRB2   RALGDS
CSF1R   GRB2
PRRC2A  GRB2
LSM1    NARS
SLC4A1  SLC4A1AP
BCL3    BARD1

Es un archivo de texto simple con un borde por línea. Una arista se define por dos nombres de vértices simbólicos delimitados por tabulación:

file.txt

ALDOA
APLP1
GRB2
RPA2
FLNC
BCL3
APP
RALGDS
PRRC2A
NARS
LSM1
GGA3
FNTA