¿Cómo agregar la dependencia del archivo .jar local al archivo build.gradle?

Así que he intentado agregar mi dependencia del archivo .jar local a mi archivo build.gradle:

apply plugin: 'java'

sourceSets {
    main {
        java {
            srcDir 'src/model'
        }
    }
}

dependencies {
    runtime files('libs/mnist-tools.jar', 'libs/gson-2.2.4.jar')
    runtime fileTree(dir: 'libs', include: '*.jar')
} 

Y puedes ver que agregué los archivos .jar en la carpeta de referencia de bibliotecas aquí:https://github.com/WalnutiQ/wAlnut/tree/version-2.3.1/referencedLibraries

Pero el problema es que cuando ejecuto el comando: gradle build en la línea de comandos, aparece el siguiente error:

error: package com.google.gson does not exist
import com.google.gson.Gson;

Aquí está mi repo completo:https://github.com/WalnutiQ/wAlnut/tree/version-2.3.1