Usar Powershell es bastante fácil llamar a Excel desde un script, por ejemplo con un script comoesta:

$excel = new-object -comobject excel.application
$excelFiles = Get-ChildItem -Path C:\fso -Include *.xls, *.xlsm -Recurse
Foreach($file in $excelFiles)
{
   $workbook = $excel.workbooks.open($file.fullname)
   $worksheet = $workbook.worksheets.item(1)
   $excel.Run("CreateChart")
   $workbook.save()
   $workbook.close()
}
$excel.quit()

Sin embargo, no logré llamar a una macro con algunos argumentos. ¿Es esto posible o es la mejor manera de escribir un archivo de configuración que la macro leerá cuando se llame?