Estoy usando el nuevoInternet Explorer 11 Las herramientas del desarrollador cambian el modo de documento a "8", pero los comentarios condicionales aún se ignoran, es decir, no se analizan correctamente y se comportan como comentarios normales. Por lo tanto, cualquier archivo de referencia dentro del comentario condicional no es solicitado / cargado por el navegador.

¿Por qué pasó esto? ¿Es un error?

Si cree que este es un error que debe solucionarse, vaya y diga que también puede reproducirlo en el informe de errores de Microsoft que se informa para este problema:
Los comentarios condicionales no funcionan cuando se emulan modos de documento a través de las Herramientas de desarrollo F12.

Actualizar: Este problema se ha solucionado en el informe de error mencionado.