Cómo eliminar filas con 0 valores usando R
Hola, estoy usando una matriz de expresión génica, recuento de fragmentos para calcular genes expresados diferencialmente. Me gustaría saber cómo eliminar las filas que tienen valores como 0. Entonces mi conjunto de datos será compacto y se darán resultados menos falsos para el análisis posterior que hago usando esta matriz.
Entrada
gene ZPT.1 ZPT.0 ZPT.2 ZPT.3 PDGT.1 PDGT.0
XLOC_000001 3516 626 1277 770 4309 9030
XLOC_000002 342 82 185 72 835 1095
XLOC_000003 2000 361 867 438 454 687
XLOC_000004 143 30 67 37 90 236
XLOC_000005 0 0 0 0 0 0
XLOC_000006 0 0 0 0 0 0
XLOC_000007 0 0 0 0 1 3
XLOC_000008 0 0 0 0 0 0
XLOC_000009 0 0 0 0 0 0
XLOC_000010 7 1 5 3 0 1
XLOC_000011 63 10 19 15 92 228
Salida deseada
gene ZPT.1 ZPT.0 ZPT.2 ZPT.3 PDGT.1 PDGT.0
XLOC_000001 3516 626 1277 770 4309 9030
XLOC_000002 342 82 185 72 835 1095
XLOC_000003 2000 361 867 438 454 687
XLOC_000004 143 30 67 37 90 236
XLOC_000007 0 0 0 0 1 3
XLOC_000010 7 1 5 3 0 1
XLOC_000011 63 10 19 15 92 228
A partir de ahora solo quiero eliminar aquellas filas donde todas las columnas de recuento de fragmentos son 0 si en alguna fila algunos valores son 0 y otros no son cero. Quisiera mantener esa fila intacta como puede ver en mi ejemplo anterior.
Por favor, déjame saber cómo hacer esto.