EGit y Eclipse modifican el archivo .gitignore pero no deberían

Estoy usando Eclipse y EGit, pero Eclipse modifica mi.gitignore archivo sin que yo pida hacerlo. Tan pronto como abra Eclipse el.gitignore Se modifica el archivo.

He añadido algunas carpetas a.gitignore (a través de EGit) pero luego los eliminó, pero Eclipse continúa agregando líneas eliminadas a.gitignore.

git checkout .gitignore, Me sale la buena version del archivoLuego voy a la ventana de EclipseLuego vuelvo a la terminal y emito:git status,Puedo ver que .gitignore ahora está modificado.

¿Cómo puede ser?