De acuerdo con los comentarios de otros, esta publicación se ha separado en preguntas más pequeñas de la versión anterior de estaOP.

En la gráfica de abajo, me ayudarás a

Cierre el lado = 4 (en cada Fig. A-D), manteniendo las etiquetas como están (según la longitud que se muestra) y cree marcas menores en los ejes secundarios (lado = 3 y 4); no de div = 5.¿Por qué minor.tick (nx = 5, ny = 5) produce 6 divisiones en tic para la Fig. C?

El siguiente gráfico se produce con eldatos en dispositivo pdf.
Cualquier ayuda con estos problemas es muy apreciada. (¡Newbie a R!) Dado que todo el código es demasiado largo para publicar aquí, he publicado una parte relevante para el problema aquí para la Fig.C

#FigC
label1=c(0,100,200,300)
plot(data$TimeVariable2C,data$Variable2C,axes=FALSE,ylab="",xlab="",xlim=c(0,24),
     ylim=c(0,2.4),xaxs="i",yaxs="i",pch=19)
lines(data$TimeVariable3C,data$Variable3C)
axis(2,tick=T,at=seq(0.0,2.4,by=0.6),label= seq(0.0,2.4,by=0.6))
axis(1,tick=T,at=seq(0,24,by=6),label=seq(0,24,by=6))
mtext("(C)",side=1,outer=F,line=-10,adj=0.8)
minor.tick(nx=5,ny=5)

par(new=TRUE)
plot(data$TimeVariable1C,data$Variable1C,axes=FALSE,xlab="",ylab="",type="l",
     ylim=c(800,0),xaxs="i",yaxs="i")
axis(3,xlim=c(0,24),tick=TRUE,at= seq(0,24,by=6),label=seq(0,24,by=6),col.axis="violetred4",col="violetred4")
axis(4,tick=TRUE,at= label1,label=label1,col.axis="violetred4",col="violetred4")
polygon(data$TimeVariable1C,data$Variable1C,col='violetred4',border=NA)