Rompecabezas de la entrevista: clasificación de un millón de entradas con memoria limitada

Intenté responder esto utilizando una clasificación externa, pero el entrevistador respondió que la complejidad era muy alta n.n (log (n)), es decir, n square * logn. Hay una mejor alternativa.

Para simplificar la pregunta: Supongamos que tenemos 1000 elementos para ordenar con espacio asignado solo para 100 elementos. ¿Cuál es el mejor algoritmo que llevará menos tiempo que el ordenamiento externo?