Cómo eliminar los nombres del archivo.

Tengo un archivo que se parece a esto ...

"Locations" "X9442" "X5997"
"1" "cg00000957"    0.87    0.86
"2" "cg00001349"    0.78    0.78
"3" "cg00001583"    0.06    0.08
"4" "cg00002028"    0.01    0.01

Deseo eliminar los nombres de las filas y hacer que se vea como sigue:

 "Locations"    "X9442" "X5997"
 "cg00000957"   0.87    0.86
 "cg00001349"   0.78    0.78
 "cg00001583"   0.06    0.08
 "cg00002028"   0.01    0.01

Intenté varias cosas, pero no puedo eliminar esos índices mientras hago write.table. También a veces el encabezado "Ubicaciones" desplaza su columna. ¿Alguien puede ayudarme? ¿Cómo logro lo anterior en R o Linux?