Tengo un problema con GitHub.

Utilizo el repositorio remoto en GitHub para descargar una copia en un servidor para realizar una instalación de un software, pero cada servidor debe realizar algunos cambios en un archivo llamado/www/inc/config.inc.php unas otras carpetas comowww/images/ Porque cada instalación es personalizada.

El problema viene cuando llamo al comando "git pull"para sincronizar las diferentes instalaciones del servidor con GitHub para obtener los nuevos cambios o versiones porque el archivowww/inc/config.inc.php cambia su contenido al original, o al que se encuentra en GitHub.
Me gustaría decir GitHub para no sincronizar elwww/inc/config.inc.php archivo y el/www/images carpeta en cada servidor que ejecuté originalmente elgit clone comando para hacer una nueva instalación.