Métodos que borran la marca Thread.interrupt ()

Recientemente he heredado una gran aplicación Java que casi no tiene seguridad de subprocesos. En lo que estoy trabajando actualmente es conseguir que todos los subprocesos manejen correctamente la interrupción en lugar de usar los muy malosThread.stop().

Parte del problema ha sido que no conozco todas las llamadas de métodos que borran el indicador de interrupción.

Actualmente sé que lo siguiente borrará la bandera de interrupción:

Thread.interrupted()
Thread.sleep(long)
Thread.join()
Thread.join(long)
Object.wait()
Object.wait(long)

¿Qué más me estoy perdiendo? Gracias