Estoy usando codeigniter 2 y mi carpeta de temas consiste enjs, img, css carpetas

Dentrojs carpeta, nombre de archivo esjs_functions.php contiene:

<?php header("Content-type: text/javascript"); ?>
/**
 * GLOBAL VARIABLES & PATHS
 *
 * path definitions for jquery inline usage
 *
 */     
var base_url         = '<?=base_url();?>';
// ------------------------------------------------------------------------

/**
 * jquery.message Global Implementation
 *
 * Shows message if any session flashdata named message is set
 *
 */

<?php if($this->session->flashdata('message')):?>
$(function() { $().message("<?=$this->session->flashdata('message');?>"); });
<?php endif; ?>

// ------------------------------------------------------------------------

y, llamándolover expediente

<script type="text/javascript" src="<?=base_url();?>themes/admin/js/js_functions.php"></script>

hace correctamente Pero vuelve en la pantalla de inspección del cromo:

var base_url         = '<br />
Uncaught SyntaxError: Unexpected token ILLEGAL

y en el navegador cuando llamas a la página desde la barra de direcciones:

var base_url         = '<br />
<b>Fatal error</b>:  Call to undefined function base_url() in <b>F:\xampp\htdocs\themes\js\js_functions.php</b> on line <b>11</b><br />

Que pasa ¿No es la forma correcta de usar php en un archivo js / php externo?