Berechnen Sie den Mittelwert einer Spalte aus mehreren CSV-Dateien in R

Question

Apr 16, 2014, 05:57 AM

Berechnen Sie den Mittelwert einer Spalte aus mehreren CSV-Dateien in R

Ich bin neu bei R. Ich habe über 300 CSV-Dateien in einem Ordner (mit den Namen 001.csv, 002.csv usw.). Jedes enthält einen Datenrahmen mit einem Header. Ich schreibe eine Funktion, die drei Argumente akzeptiert: den Speicherort der Dateien, den Namen der Spalte, die Sie als Mittelwert berechnen möchten (innerhalb der Datenrahmen) und die Dateien, die Sie für die Berechnung verwenden möchten.

Hier ist meine Funktion:

pollutantmean2 <- function(directory = getwd(), pollutant, id = 1:332) {

    # add one or two zeros to ID so that they match the CSV file names
    filenames <- sprintf("%03d.csv", id)

    # path to specdata folder
    # if no path is provided, default is working directory
    filedir <- file.path(directory, filenames)

    # get the data from selected ID or IDs from the specified path
    dataset <- read.csv(filedir, header = TRUE)

    # calculate mean removing all NAs
    polmean <- mean(dataset$pollutant, na.rm = TRUE)

    # return mean
    polmean

}

Es scheint, dass zwei Dinge mit meinem Code nicht stimmen. Um es aufzuschlüsseln, habe ich die Funktion in zwei separate Funktionen aufgeteilt, um die beiden Aufgaben zu erledigen: 1) Erhalte die erforderlichen Dateien und 2) berechne den Mittelwert der gewünschten Spalte (akapollutant).

1) Erhalten der entsprechenden Dateien - Es funktioniert, solange ich nur eine Datei möchte. Wenn ich einen Bereich von Dateien auswähle, wie z1:25 Ich erhalte eine Fehlermeldung, die besagtError in file(file, "rt") : invalid 'description' argument. Ich habe diesen Fehler gegoogelt, habe aber noch keine Ahnung, wie ich ihn beheben soll.

# function that gets csv files and stores them
getfile <- function(directory = getwd(), id) {
    filenames <- sprintf("%03d.csv", id)
    filedir <- file.path(directory, filenames)
    dataset <- read.csv(filedir, header = TRUE)
    dataset
}

Wenn ich rennegetfile("specdata", 1) es funktioniert gut, aber wenn ich rennegetfile("specdata", 1:10) Ich erhalte folgenden Fehler:Error in file(file, "rt") : invalid 'description' argument.

2) Mittelwert der angegebenen benannten Spalte berechnen - Angenommen, ich habe einen verwendbaren Datenrahmen, dann versuche ich, den Mittelwert mit der folgenden Funktion zu berechnen:

calcMean <- function(dataset, pollutant) {
    polmean <- mean(dataset$pollutant, na.rm = TRUE)
    polmean
}

Aber wenn ich rennecalcMean(mydata, "sulfate") (womydata ist ein Datenrahmen, den ich manuell geladen habe) Ich erhalte eine Fehlermeldung:Warning message: In mean.default(dataset$pollutant, na.rm = TRUE) : argument is not numeric or logical: returning NA

Das Seltsame ist, wenn ich rennemean(mydata$sulfate, na.rm = TRUE) In der Konsole funktioniert es einwandfrei.

Ich werde jede Hilfe schätzen, die mich in die richtige Richtung weist. Ich habe dies mehrere Tage lang recherchiert und nach endlosen Optimierungen ist mir die Idee ausgegangen.

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