Durchsuchen aller Dateien im Verzeichnis in R mit mehreren Befehlen [duplizieren]
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Was ist die beste Methode, um ein Skript wiederholt auf n .csv-Dateien in R anzuwenden? 2 AntwortenIch muss eine Reihe von Befehlen in R auf alle Einzelpersonen anwenden.txt Dateien (ca. 300) in einem Verzeichnis.
Ich bin nicht sehr vertraut mit R, daher ist die gesamte Online-Hilfe zum Schleifen verwirrend, oder ich kann nicht herausfinden, wie eine Schleife angewendet wird, wenn Sie mehrere Befehle auf jede Datei anwenden müssen.
Die Befehle, die ich für jede Datei (phylogenetische Bäume) innerhalb des Verzeichnisses anwenden muss, lauten (die Rs Affenbibliothek verwendet):
testtree <- read.tree("tree123.txt")
unrooted_tr <- unroot(testtree)
write.tree(unrooted_tr, file="unrootedtree123.txt")
Wie wende ich eine Schleife an, die diese Befehle auf jede einzelne TXT-Datei anwendet (entweder mit R oder in der Unix-Befehlszeile)? Die Ausgabe (z. B. unrootedtree123.txt) muss für jede einzelne Datei einen anderen Namen haben.
anke im Voraus, Dan