Я создаю очень большой сайт на основе PHP MVC, который будет иметь большую библиотеку классов php, javascripts и многих CSS-файлов (не говоря уже о большом количестве файлов для MVC).

Впервые я потратил время на то, чтобы спланировать чистую и организованную структуру каталогов.

Какие структуры каталогов вы обычно используете, и какие из них легче всего использовать при наличии тысяч файлов?