вариант.

я проблемы сgit clean, рассмотрим следующий сценарий

git status -su
?? file_1
?? xyz/file_2

git clean -f
Not removing xyz/file_2
Removing file_1

я не хочу удалятьxyz папку, но хотите удалитьfile_2 внутри него. Почемуgit clean не работает рекурсивно?