Я обновил свой ответ.

ли способ запустить оболочку MongoDB (или конкретный метод tojson) встрогий Режим JSON?

Зачем мне это нужно - чтобы иметь возможность взять вывод shell (сгенерированный некоторыми командами js, сопровождаемыми tojson) и преобразовать его в объекты JSON в Java.

С другой стороны,

Есть ли способ разобрать расширенный JSON из оболочки в java-объекты Json? (com.mongodb.util.JSON.parse ожидает строгого JSON)