Да, эта проблема была для Java 6 на Mac.

их поисков я нашел подтверждающую информацию здесь:Руководство по разработке Java для Mac OS X

tools.jar не существует. Классы, обычно расположенные здесь, вместо этого включены вclasses.jar, Скрипты, которые полагаются на существованиеtools.jar нужно переписать соответственно.

Если переписывание неизбежно, как это происходит?

Эта проблема возникла при развертывании на Tomcat 6, установленном через MacPorts на компьютере Mac OS X 10.6.