c PrintWriter (OutputStream out, логическое autoFlush):

out - An output stream
autoFlush - A boolean; if true, the println, printf, or format methods
will flush the output buffer

public PrintStream (OutputStream out, логическое автозаполнение):

out - The output stream to which values and objects will be printed 
autoFlush - A boolean; if true, the output buffer will be flushed 
whenever a byte array is written, one of the println methods is invoked, 
or a newline character or byte ('\n') is written

Какова была причина изменения логики автозапуска между этими классами?

Потому что они всегда считаются идентичными, за исключением моментов кодирования и «автоматической промывки» безprint() вряд ли соответствует принципу наименьшего удивления, встречаются глупые ошибки:
Я создал PrintWriter с включенной автозаполнением; почему это не автоматическая промывка?