Так что я знаю, что мы можем центрировать div по горизонтали, если мы используемmargin:0 auto;, Долженmargin:auto auto; работать, как я думаю, это должно работать? Центрирование это также вертикально?

Почему неvertical-align:middle; работать тоже?

.black {
    position:absolute;
    top:0;
    bottom:0;
    left:0;
    right:0;
    background:rgba(0,0,0,.5);
}
.message {
    background:yellow;
    width:200px;
    margin:auto auto;
    padding:10px;
}

    
        This is a popup message.
    

JSFiddle