Решил это, установив virtualenv в корневую папку приложения Flask, а затем указав mod_wsgi на него как установку python с

< mod_wsgi cannot import flask. 

установил колбу подvirtualenv, Я могу импортировать колбу, используя оболочку Python просто отлично. Я отредактировал мою конфигурацию виртуального хоста, чтобы содержатьWSGIDaemonProcess HRApp user=USER group=GROUP python-path=/home/USER/.local/bin/python3.5/site-packages но безрезультатно. Что мне не хватает?

Python 3.5.2 (default, Nov 12 2018, 13:43:14)
[GCC 5.4.0 20160609] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import flask
>>> flask.__version__
'1.0.2'
>>>

Конфигурация apache:

    WSGIDaemonProcess HRApp user=USER group=GROUP python-path=/home/USER/.local/bin/python3.5/site-packages
    WSGIScriptAlias / /path/to/file.wsgi

    <Directory /var/www/appname>
            WSGIApplicationGroup %{GLOBAL}
            Order deny,allow
            Allow from all
            AuthType Basic
            AuthName "USER"
            AuthUserFile "/passwords_file"
            Require valid-user
    </Directory>

Ответы на вопрос(1)

Ваш ответ на вопрос