Скажем, у меня есть файл в моем репозитории git.foo

Предположим, он был удален сrm (неgit rm). Тогда git status покажет:

Changes not staged for commit:

    deleted: foo

Как подготовить удаление этого файла?

Если я попробую:

git add foo

Это говорит:

'foo' did not match any files.