Как вы уже догадались, транспонирование не будет работать правильно. Вы не можете поменять две яркости, если нет двух ярких мест.
ыло интересно, если есть функция, которая принимает списокX в качестве входных и выходных данных столбца вектор, соответствующийX?
(Я оглянулся и подозреваю, что это может быть:np.matrix(X).T )