Я читаю файл .csv, хочу извлечь из него определенные значения и записать их в новый файл result.csv (B). Я попытался сделать это с кодом (A), который работает только частично.

В определении я поместил все переменные, из которых я хочу в конечном итоге извлечь совпадающие значения из файла .csv, который я читаю. (кроме «record_id» и «abbreviation», потому что я заполню их вручную)

Теперь, запустив код (A), он генерирует следующий результат в result.csv:

Токовый выход

record_id  abbreviation  patient_id  step_count  distance  ambulation_time  velocity  cadence  normalized_velocity  step_time_differential  step_length_differential  cycle_time_differential  step_time  step_length  step_extremity  cycle_time  stride_length  hh_base_support  swing_time  stance_time  single_supp_time  double_supp_time  toe_in_out 
70520161453                          3           292,34    1,67             ,         107,8    ,                    0,004                   1,051                     0,008                    ,          96,746       ,               1,116       ,              2,988            ,           ,            ,                 ,

Как видите, пропущено много значений по сравнению с желаемым выходом (B), а также некоторые из них, которые показаны, но неверны.

Теперь проблемы, с которыми я сталкиваюсь, следующие:

Проблема 1

Так как я сравниваю имена в файле .csv, который я читаю, с именами в моем определении (A). Некоторые из них не совсем совпадают или путаются с другими, которые частично имеют одно и то же имя.

Это проблема для:

patient_id, velocity, step_time, stride_length, swing_time, stance_time, single_supp_time, double_supp_time, toe_in_out

Например, скорость из моего определения совпадает со скоростью из файла .csv, который я читаю, но она также совпадает с stridevelocitystddev. Это вызывает недостающее значение для скорости.

Проблема 2

Все следующие переменные содержат 2 значения вместо 1, например, step_time содержит значения 0,558 и 0,554. Для всех этих переменных, содержащих 2 значения, я хочу вычислить среднее из двух, а затем записать только среднее значение (в этом примере среднее 0,558 и 0,554 = 0,56) в файл result.csv, принадлежащий step_time.

step_time, step_length, cycle_time, stride_length, hh_base_support, swing_time, stance_time, single_supp_time, double_supp_time, toe_in_out

Надеюсь, кто-то может помочь мне решить эти проблемы, будет оценено!

Не стесняйтесь играть с файлом экспорта, который я использую, вы можете скачать его здесь:CSV-файл экспорта

(A) код Python

import csv
from collections import defaultdict
from datetime import datetime

data = defaultdict(str)
result = 'path/to/file/result_%s.csv'%datetime.now().strftime('%b-%d-%Y_%H%M')

#Make a list with the predefined variables
definition = ["record_id", "abbreviation", "patient_id", "step_count", "distance", "ambulation_time", "velocity", "cadence", "normalized_velocity", "step_time_differential", "step_length_differential", "cycle_time_differential", "step_time", "step_length", "step_extremity", "cycle_time", "stride_length", "hh_base_support", "swing_time", "stance_time", "single_supp_time", "double_supp_time", "toe_in_out"]

#Read the GaitRite .csv
with open('path/to/file/Export 4.csv', 'r') as f, open(result, 'w') as outfile:
    reader = csv.reader(f, delimiter=';')
    next(reader, None)  # skip the headers
    writer = csv.DictWriter(outfile, fieldnames=definition, lineterminator='\n')
    writer.writeheader()

#Read the .csv row by row
    for row in reader:
        for item in definition:
            h = item.replace('_', '')
            r0 = row[0].lower().replace(' ', '')
            if h in r0:
                try:
                    avg = round((float(row[1].replace(',', '.')) + float(row[2].replace(',', '.'))) / 2, 2)
                    data[item] = avg
                except ValueError:
                    avg = 0  # for cases with entry strings or commas
                data[item] = row[1]

    data['record_id'] = datetime.now().strftime('%m%d%Y%H%M')

# Write the clean result.csv
    writer.writerow(data)

(B) Желаемый выход .csv

record_id  abbreviation  patient_id  step_count  distance  ambulation_time  velocity  cadence  normalized_velocity  step_time_differential  step_length_differential  cycle_time_differential  step_time  step_length  step_extremity  cycle_time  stride_length  hh_base_support  swing_time  stance_time  single_supp_time  double_supp_time  toe_in_out 
70520161453              25          3           292,34    1,67             175,1     107,8                         0,004                   1,051                     0,008                    0,56       97,27                        1,11        194,64         4,65             0,47        0,65         0,47              0,18              1,45