Я пытаюсь использовать регулярное выражение со сканером для сопоставления строки из файла. Регулярное выражение работает со всем содержимым файла, за исключением этой строки:

DNA="ITTTAITATIATYAAAYIYI[....]ITYTYITTIYAIAIYIT"

в самом файле многоточие представляет еще несколько тысяч символов.

Когда цикл, который читает файл, попадает в строку, содержащую базы, возникает ошибка переполнения стека.

Вот цикл:

while (scanFile.hasNextLine()) {
   final String currentLine = scanFile.findInLine(".*");
   System.out.println("trying to match '" + currentLine + "'");
   Scanner internalScanner = new Scanner(currentLine);
   String matchResult = internalScanner.findInLine(Constants.ANIMAL_INFO_REGEX);
   assert matchResult != null : "there's no reason not to find a match"; 
   matches.put(internalScanner.match().group(1), internalScanner.match().group(2));
   scanFile.nextLine();
  }

и регулярное выражение:

static final String ANIMAL_INFO_REGEX = "([a-zA-Z]+) *= *\"(([a-zA-Z_.]| |\\.)+)";

Вот след отказа:

java.lang.StackOverflowError
    at java.util.regex.Pattern$CharProperty.match(Pattern.java:3360)
    at java.util.regex.Pattern$Branch.match(Pattern.java:4131)
    at java.util.regex.Pattern$GroupHead.match(Pattern.java:4185)
    at java.util.regex.Pattern$Loop.match(Pattern.java:4312)
    at java.util.regex.Pattern$GroupTail.match(Pattern.java:4244)
    at java.util.regex.Pattern$BranchConn.match(Pattern.java:4095)
    at java.util.regex.Pattern$CharProperty.match(Pattern.java:3362)
    at java.util.regex.Pattern$Branch.match(Pattern.java:4131)
    at java.util.regex.Pattern$GroupHead.match(Pattern.java:4185)
    at java.util.regex.Pattern$Loop.match(Pattern.java:4312)
    at java.util.regex.Pattern$GroupTail.match(Pattern.java:4244)
    at java.util.regex.Pattern$BranchConn.match(Pattern.java:4095)
    at java.util.regex.Pattern$CharProperty.match(Pattern.java:3362)
    at java.util.regex.Pattern$Branch.match(Pattern.java:4131)
    at java.util.regex.Pattern$GroupHead.match(Pattern.java:4185)
    at java.util.regex.Pattern$Loop.match(Pattern.java:4312)
    at java.util.regex.Pattern$GroupTail.match(Pattern.java:4244)
    at java.util.regex.Pattern$BranchConn.match(Pattern.java:4095)
    ...etc (it's all regex).

Спасибо!