Как вы производите новую строку в FileWriter? Кажется, что "\ n" не работает.

log = new FileWriter("c:\\" + s.getInetAddress().getHostAddress() + ".txt", true);    
log.append("\n" + Long.toString(fileTransferTime));
log.close();

Выходной файл кода выше представляет собой просто длинную строку чисел без новой строки.