Я делаю около 1-2 уведомлений в день, и важно, чтобы пользователь не пропустил это. Есть ли способ удалить автоматическое закрытие и разрешить пользователю только вручную закрыть уведомление?

Я не вижу никакой возможности для этого в опциях уведомлений:

http://developer.chrome.com/extensions/notifications.html#type-NotificationOptions