Очевидно, что оба имеют свои преимущества. MyISAM быстрый, но может быть легко обрезан, InnoDB медленный, но более стабильный благодаря транзакциям и внешним ключам. Так что было бы хорошо смешать оба движка в одной базе данных. Если это возможно?