извлечение таблицы из текстового файла
Я пытаюсь извлечь таблицы из текстовых файлов и нашел несколько более ранних постов здесь, посвященных аналогичным вопросам. Однако, похоже, никто не работает эффективно с моей проблемой. Самый полезный ответ, который я нашел, - на один из моих предыдущих вопросов здесь:R: удаление заголовков, нижних и нижних заголовков столбцов при чтении CSV-файла
Пример фиктивного текстового файла содержит:
>
>
> ###############################################################################
>
> # Display AICc Table for the models above
>
>
> collect.models(, adjust = FALSE)
model npar AICc DeltaAICc weight Deviance
13 P1 19 94 0.00 0.78 9
12 P2 21 94 2.64 0.20 9
10 P3 15 94 9.44 0.02 9
2 P4 11 94 619.26 0.00 9
>
>
> ###############################################################################
>
> # the three lines below count the number of errors in the code above
>
> cat("ERROR COUNT:", .error.count, "\n")
ERROR COUNT: 0
> options(error = old.error.fun)
> rm(.error.count, old.error.fun, new.error.fun)
>
> ##########
>
>
Я написал следующий код для извлечения желаемой таблицы:
my.data <- readLines('c:/users/mmiller21/simple R programs/dummy.log')
top <- '> collect.models\\(, adjust = FALSE)'
bottom <- '> # the three lines below count the number of errors in the code above'
my.data <- my.data[-c(grep(bottom, my.data):length(my.data))]
my.data <- my.data[-c(1:grep(top, my.data))]
my.data <- my.data[c(1:(length(my.data)-4))]
aa <- as.data.frame(my.data)
aa
write.table(my.data, 'c:/users/mmiller21/simple R programs/dummy.log.extraction.txt', quote=F, col.names=F, row.name=F)
my.data2 <- read.table('c:/users/mmiller21/simple R programs/dummy.log.extraction.txt', header = TRUE, row.n,ames = c(1))
my.data2
model npar AICc DeltaAICc weight Deviance
13 P1 19 94 0.00 0.78 9
12 P2 21 94 2.64 0.20 9
10 P3 15 94 9.44 0.02 9
2 P4 11 94 619.26 0.00 9
Я бы предпочел не писать, а потом читатьmy.data
получить желаемый фрейм данных. До этого шага текущий код возвращает вектор строк дляmy.data
:
[1] " model npar AICc DeltaAICc weight Deviance" "13 P1 19 94 0.00 0.78 9"
[3] "12 P2 21 94 2.64 0.20 9" "10 P3 15 94 9.44 0.02 9"
[5] "2 P4 11 94 619.26 0.00 9"
Есть ли способ, как я могу преобразовать вышеупомянутый вектор строк в кадр данных, как вdummy.log.extraction.txt
без записи, а затем чтенияmy.data
?
Линия:
aa <- as.data.frame(my.data)
возвращает следующее, что выглядит так, как я хочу:
# my.data
# 1 model npar AICc DeltaAICc weight Deviance
# 2 13 P1 19 94 0.00 0.78 9
# 3 12 P2 21 94 2.64 0.20 9
# 4 10 P3 15 94 9.44 0.02 9
# 5 2 P4 11 94 619.26 0.00 9
Тем не мение:
dim(aa)
# [1] 5 1
Если я могу разделитьaa
в столбцы, то я думаю, что у меня будет то, что я хочу без необходимости писать, а затем прочитатьmy.data
.
Я нашел пост:Извлечение данных из текстовых файлов Однако в опубликованном ответе рассматриваемая таблица имеет фиксированное количество строк. В моем случае количество строк может варьироваться от 1 до 20. Также я бы предпочел использоватьbase R
, В моем случае я думаю, что количество строк междуbottom
и последняя строка таблицы является константой (здесь 4).
Я также нашел пост:Как извлечь данные из текстового файла, используя R или PowerShell? Тем не менее, в моем случае ширина столбцов не фиксирована, и я не знаю, как разделить строки (или строки), чтобы было только семь столбцов.
Учитывая все вышесказанное, возможно, мой вопрос на самом деле, как разделить объектaa
в столбцы. Спасибо за любой совет или помощь.
РЕДАКТИРОВАТЬ:
Реальные журналы создаются суперкомпьютером и содержат до 90000 строк. Тем не менее, количество строк сильно варьируется между журналами. Вот почему я использовалtop
а такжеbottom
.