Я перешел на новый сервер и установил R версии 3.0 на нем. (библиотека gplots больше не была доступна для 2.14)

Используя сценарий, который работал для версии 2.14, я теперь сталкиваюсь с проблемой создания тепловой карты.

В версии 3 R я получаю ошибку:

Error in lapply(args, is.character) : node stack overflow
Error in dev.flush() : node stack overflow
Error in par(op) : node stack overflow

В версии R 2.14 я получаю ошибку:

Error: evaluation nested too deeply: infinite recursion / options(expressions=)?

Что я могу решить, увеличив параметры (выражения = 500000)

В версии 3 R увеличение этой опции не решает проблему. И я все еще застрял с той же ошибкой.

Сценарий одинаков для обоих:

y=read.table("test", row.names=1, sep="\t", header=TRUE)
hr <- hclust(dist(as.matrix(y)))
hc <- hclust(dist(as.matrix(t(y))))
mycl <- cutree(hr, k=7); mycolhc <- rainbow(length(unique(mycl)), start=0.1, end=0.9); mycolhc     <- mycolhc[as.vector(mycl)] 

install.packages("gplots")
library("gplots", character.only=TRUE)
myheatcol <- redgreen(75)

pdf("heatmap.pdf")
heatmap.2(as.matrix(y), Rowv=as.dendrogram(hr), Colv=as.dendrogram(hc), col=myheatcol,scale="none", density.info="none", trace="none", RowSideColors=mycolhc, labRow=FALSE)
dev.off()

Где «test» - это файл tdl с заголовками и именами строк и матрицей 40 * 5000 0/1

Любая помощь будет оценена

PS: когда я уменьшаю свой набор данных до 2000 строк, я больше не получаю ошибку.

PSS: увеличение набора данных до 2500 строк привело к той же ошибке; Однако удаление всех неинформативных строк (все 1 с) оставило мне 3700 строк. Использование этого набора данных не привело к ошибке.