исключение это здесь:

g++ -L/usr/local/lib -I./include -I. -lopencv_core -lopencv_highgui -lopencv_imgproc main.o ColorTransfer.o
main.o: In function `showImg(std::string, cv::Mat, int)':
main.cpp:(.text+0x21): undefined reference to `cv::namedWindow(std::string const&, int)'
main.cpp:(.text+0x34): undefined reference to `cv::_InputArray::_InputArray(cv::Mat const&)'
main.cpp:(.text+0x75): undefined reference to `cv::imshow(std::string const&, cv::_InputArray const&)'
main.cpp:(.text+0x9d): undefined reference to `cv::waitKey(int)'
main.o: In function `main':

ИMakefile это здесь:

CC=g++
FLAGS=-L./lib -I./include -I. -lopencv_core -lopencv_highgui -lopencv_imgproc

all: ColorTransfer

ColorTransfer: main.o ColorTransfer.o
    $(CC) $(FLAGS) main.o ColorTransfer.o -o ColorTransfer

main.o: main.cpp 
    $(CC) $(FLAGS) -c main.cpp -o main.o

ColorTransfer.o: ColorTransfer.cpp ColorTransfer.h
    $(CC) $(FLAGS) -c ColorTransfer.cpp -o ColorTransfer.o

clean :
    rm -rf main.o ColorTransfer.o

А текущий каталог содержит каталог с именем lib, в котором есть библиотеки opencv.