Hibernate полностью поддерживает SQLite
Jboss Hibernate не делаетничего не сказать о поддержке SQLite -
https://community.jboss.org/wiki/SupportedDatabases2
И то же самое упоминается ниже:
Можете ли вы выделить об этом. Я хочу использовать встроенный SQLite с Hibernate для настольных приложений Swing.
Я также оцениваю Derby (JavaDB), поскольку он также может быть встроен и является частью jdk.